I. Postup k odstranění pochybností nesmí být volně zaměňován s daňovou kontrolou. Na rozdíl od obecné vyhledávací činnosti, místního šetření nebo daňové kontroly slouží postup k odstranění pochybností pouze k objasnění jednotlivých, dílčích pochybností již konkrétně vyjádřených, které brání řádnému stanovení daně. Z výzvy musí být zřejmé, proč pochybnosti vznikly a v čem spočívají. Jedná se o procesní prostředek sloužící k neprodlenému a bezprostřednímu zjištění či ověření řádného splnění daňových povinností daňovým subjektem.
II. Samotná výše nadměrného odpočtu nemůže založit důvod pro zahájení postupu podle § 89 daňového řádu, postrádá-li výzva bližší odůvodnění, proč má správce daně důvodné podezření, že uplatněná výše odpočtu je nesprávná. Skutkovou okolností, která by zakládala konkrétní pochybnosti správce daně, nemůže být bez dalšího ani zahájení, resp. neukončení postupu k odstranění pochybností za jiné zdaňovací období.
III. Skutečnosti rozhodné pro vyměření daně se posuzují pro každé zdaňovací období samostatně a nelze je bez dalšího "promítat" do jiných zdaňovacích období.
IV. Některé postupy v rámci vyměřovacího řízení, jako je právě postup k odstranění pochybností, mají charakter samotného zásahu do práv daňového subjektu, a je tedy třeba je řešit již v průběhu řízení o vyměření daně, nikoliv až v rámci opravného prostředku proti platebnímu výměru. Překročí-li správce daně zákonný rámec pro postup k odstranění pochybností, zasahuje do subjektivního veřejného práva daňového subjektu na to, aby nebyl ve své autonomii omezován kroky správního orgánu jinak, než jak stanoví zákon. Daňový subjekt má vůči správci daně právo, aby správce daně využíval postupu k odstranění pochybností pouze k účelům, ke kterým tento procesní nástroj slouží. Platební výměr není součástí postupu k odstranění pochybností .