I. Ust. § 92 odst. 5 písm. e) daňového řádu nedopadá na stanovení daně dle pomůcek. Uvedené však neznamená, že by rozhodnutí, jímž je stanovena daň podle pomůcek, nemuselo být podloženo hodnocením správce daně, jaké povinnosti při dokazování daňovým subjektem nebyly splněny, dále to, že v důsledku toho nelze stanovit daň dokazováním a že by ze spisového materiálu a úvah správce daně nemuselo být ověřitelné, proč lze stanovenou daň považovat za dostatečně spolehlivou.
II. Správce daně má při výběru pomůcek zákonem omezenou míru volné úvahy. Daňový řád v § 98 odst. 3 uvádí demonstrativní výčet pomůcek. Správci daně však není předepsáno, co má v jednotlivých případech užít jako pomůcku, existuje zde tak určitá míra správní úvahy správce daně. Lze však konstatovat, že daňový řád klade požadavek na výsledné stanovení daně dle pomůcek tak, aby byla daň stanovena dostatečně spolehlivě.
III. Daňový subjekt může namítat neadekvátní výši stanovení daně dle pomůcek s odůvodněním, že při konstrukci pomůcek správce daně hrubě vybočil z mezí správního uvážení, kterým disponuje. Takto lze napadnout jednoznačné excesy správce daně při použití pomůcek, mezi něž lze řadit to, že nebylo vůbec objasněno, jak byla zvolená pomůcka konstruována, a úvahu správce daně tak nelze vůbec přezkoumat. Jednoznačným excesem je možno označit i situaci, kdy konstrukce pomůcky trpí tak závažnými logickými deficity, že se nedá hovořit o tom, že by na jejím základě vůbec mohla být stanovena daň, která by dostatečně přesně reflektovala realitu daňového subjektu (např. tehdy, pokud by u daňového subjektu, který provozuje malé pekařství, byla daň stanovena na základě údajů jiného subjektu, který provozuje autoservis). Jde o případy natolik zásadních pochybení správce daně, u nichž bude daňový subjekt se svou námitkou úspěšný již jen s ohledem na logickou neudržitelnost úvah správce daně, resp. jejich naprostou absenci.
IV. Oprávnění daňového subjektu zpochybňovat adekvátnost použitých pomůcek je nutno posuzovat značně restriktivně. Je třeba mít na zřeteli okolnosti vyměřování daně pomocí pomůcek, tedy fakt, že k takovému způsobu vyměření daně přistoupí správce daně jen tehdy, jsou-li pro takový postup splněny zákonné podmínky, zejména jestliže daňový subjekt nesplnil své důkazní povinnosti. Za takové situace nemůže daňovému subjektu svědčit právo domáhat se použití konkrétních pomůcek, resp. napadat posléze z jakéhokoli libovolného důvodu výběr pomůcek provedený správcem daně. Správce daně pomůcky obstarává na základě své volné úvahy, bez součinnosti s daňovým subjektem, při výběru konkrétních pomůcek je limitován zákonem.
V. Námitkami daňového subjektu lze dosáhnout nápravy pouze jednoznačných excesů správce daně při použití pomůcek. V žádném případě nelze předpokládat úspěch daňového subjektu, který v potřebné době nesplnil své zákonem stanovené povinnosti a následně se domáhá stanovení své daňové povinnosti způsobem, který mu nejvíce vyhovuje. Daňový subjekt nemůže soustředit svá tvrzení k prokázání špatného výběru pomůcek, nýbrž ke skutečnosti, že výsledná daňová povinnost, která mu byla stanovena, je v hrubém nepoměru s tou, která mu měla být, byť odhadem, stanovena.
VI. Nezbytným předpokladem stanovení daně dle pomůcek v podobě údajů srovnatelného subjektu je to, že správce daně má představu o charakteru činnosti daňového subjektu a alespoň v hrubých obrysech též o rozsahu této činnosti. Bez těchto pomůcek není ani možno určit srovnatelný subjekt, jehož údaje by měly sloužit jako pomůcka. Na správce daně nelze při stanovení daně dle pomůcek klást natolik přísné nároky, aby měl do podrobností jasno v tom, jaký charakter a rozsah měla činnost daňového subjektu. Je totiž nutno si uvědomit, že ke stanovení daně dle pomůcek může dojít i tehdy, když daňový subjekt nesplní své povinnosti při dokazování jím uváděných skutečností v takovém rozsahu, že o jeho činnosti nejsou známy téměř žádné informace. Je však nutno trvat na tom, aby představa o činnosti daňového subjektu byla vystavěna na racionálním podkladě, a to i tehdy, nespolupracuje-li daňový subjekt se správcem daně. Nelze totiž připustit, aby v rámci stanovení pomůcek si mohl správce daně libovolně bez jakéhokoli podkladu zvolit, jaké činnosti dle něj daňový subjekt vykonával, a dle toho mu stanovit daň. Na správce daně při zjišťování, jaké činnosti daňový subjekt vykonával, nelze klást přísné požadavky (spíše naopak), přesto je třeba, aby závěr správce daně o činnosti daňového subjektu byl založen na nějakém rozumném podkladu.
VII. Nelze přičítat k tíži správce daně chování daňového subjektu či jeho zástupce, jejichž rozhodnutí způsobilo, že zpráva o daňové kontrole byla doručena již odvolanému zástupci, byť daňový subjekt ani jeho zástupce nemohou předvídat, k jakým úkonům se správce daně chystá v době, kdy mu hodlají oznámit výpověď plné moci.